La chasse au trésor est ouverte pour le capitaine Edward James Kenway ! Aux Philippines, Noa, escorté par madame Sei et sa garde du corps. se retrouve pris dans une embuscade menée par la Confrérie des Assassins ! Le jeune homme ne se laisse pourtant pas faire : il a encore des choses à apprendre auprès de l'Ordre des Templiers. Il décide donc de combattre le groupe qui s'oppose à lui. Contre toute attente, cet affrontement lui permet d'obtenir des informations intéressantes sur Edward Kenway...
