Sous le IIIème Reich, un sorcier invoque une puissance infernale qui lui échappe. De cette puissance naît Hellboy. Élevé par les américains, il sera le plus grand des enquêteurs paranormaux. Sa mission présente le conduit sous un manoir, au fond des abysses, là où le culte du Serpent s'abreuve du sang et des âmes des innocents. Son grand prêtre attend Hellboy : le temps est venu de reprendre le contrôle de sa créature et pour les ténèbres d'engloutir la lumière.
