Alors que rien ne devait se passer durant les 500 ans suivants le dernier Shaman Fight, auquel Yoh et ses amis ont participé, un désaccord entre les dieux déclenche un nouvel affrontement entre les shamans à l'issue duquel la forme de ce monde risque de changer.Hana, le fils de Yoh et Anna, est choisi pour devenir le leader de la « Team Hao », l'équipe représentant le dieu Hao en ce bas-monde. Mais avant même d'entrer dans le tournoi, il devra surmonter une épreuve inattendue et beaucoup plus périlleuse qu'il n'y paraît...
