Le groupe qui a planifié l'assassinat du shogun, mené par Kamui et Takasugi, lance une offensive sur la province d'Iga. Un combat féroce commence alors entre les ennemis du shogun et ceux qui le défendent, parmi lesquels les membres de l'agence à tout faire, du Shinsengumi et des Oniwaban. C'est au cours de cette bataille que Gintoki et Takasugi, qui se sont battus côte à côte autrefois, vont finalement s'affronter...
