Au Niger, un général putschiste renverse le pouvoir en place et prend en otage une base militaire française. En guise de rançon, il exige que la France rende des comptes pour les années où elle a colonisé son pays. Dans son bureau du palais de l'Élysée, la générale Hélène Coli, première femme à diriger l'état-major particulier du président, fait face à la mission la plus périlleuse de sa carrière. Dans cette affaire très sensible, elle doit conseiller un chef de l'État isolé et fragilisé par une cohabitation houleuse. En secret, une poignée d'officiers prépare une des opérations clandestines les plus audacieuses de l'histoire de l'armée française, un pari fou pour sauver la vie de ses soldats et l'honneur de la nation. Entre raison d'État, vertige du commandement et fièvre du pouvoir, Un état-major particulier explore le coeur de la machine présidentielle où politique intérieure et opération extérieure peuvent soudain mêlées.