Mirai Shadow dix-sept ans, tente de retrouver un semblant de paix après la disparition de sa mère. Pour se rapprocher de sa famille au Japon, il embarque à bord d'un avion qui, pris dans une violente tempête, s'écrase au beau milieu de l'océan. Seul survivant du crash, Mirai se retrouve prisonnier d'une île mystérieuse qui semble défier les lois de la réalité. Alors qu'il explore cet endroit hors du commun, une étrange cassette vidéo le conduit sur les traces du Projet Phoenix, une expérience scientifique ambitieuse destinée à repousser les limites du voyage spatio-temporel. Mais derrière cette avancée révolutionnaire se cache un lourd secret : les multiples expérimentations menées sur l'île ont engendré des conséquences irréversibles, transformant certains de ses habitants en êtres génétiquement modifiés appelés les Nucléus . Accompagné de Jake, Mirai devra survivre aux dangers qui peuplent l'île et percer les mystères du Projet Phoenix.
