Shredder charge Karaï de kidnapper April. Tandis que les Tortues tentent de détruire une base sous-marine Krang qui empoisonne les eaux de la ville, April se retrouve seule face à la protégée de Shredder, qu'elle doit combattre avec ses moyens. Donatello est face à un dilemme : abandonner la mission et sauver April, ou sauver tous les habitants de New-York d'une issue fatale…
